ملخص
تجري أحداثه بعد سنوات قليلة من أول مانجا Ghost In The Shell. لقد اختفى الرائد منذ ذلك الحين، وتتبع Ghost in the Shell 2 موتوكو أراماكي الغامضة أثناء قيامها بإجراء تحقيق في حادث وقع في مصنع للأعضاء وعواقبه. إنها هاربة لتنظيف الفوضى وإنقاذ نفسها في هذه العملية. في هذه الأثناء، يقوم الأعضاء السابقون في القسم 9 بالتحقيق مع موتوكو لمعرفة هويتها الحقيقية.